Garantiordningen trådte i kraft pr. 15. juni 1984, og den dækker et hvert tab på almene boligafdelingers midler, som almene boligorganisationer har i forvaltning. Fondens dækning af en afdelings tab betragtes som udlæg for organisationen og kan, når organisationens økonomi tillader det, blive krævet tilbagebetalt med tillæg af renter.

I 1988 blev garantiordningen ændret, således at fælles anbringelse af likvide midler fra flere godkendte almene boligorganisationer nu kan anmeldes til Landsbyggefonden. Der forudsættes indsendelse af ekstra regnskabsmateriale attesteret af revisor. Dette skal ske med henblik på at begrænse risikoen for, at krav mod en boligorganisation på grund af unøjagtigheder i bogføringen kan overføres til andre af de samarbejdende boligorganisationer.

I 1999 er reglerne for garantiordningen ændret, således at kapitalplacering i investeringsforeninger (specialforeninger) kan anmeldes til fonden, jf. krav herom i driftsbekendtgørelsen.

Regler om garantiordning 
Anmeldelse af kapitalplacering  (13,5Kb)
Anmeldelse af fællesforvaltning  (14Kb)